ストーリーが進行するミッションです。
メインミッションは必ず行わなければならない必須のミッションで、
サブミッションはいずれかを選んで行う事でストーリーが進行します。
| 種別 | Lv | 名称 | 目的 |
| メイン | 1 | ミッションの基本からやりなおせ！ | 悪さをする妖怪をすべて倒せ！ |
| メイン | 2 | おとも妖怪といっしょ | 悪さをする妖怪をすべて倒せ！ |
| メイン | 3 | スカウト！ともだちチャンス！ | 妖怪をともだちにしよう！ |
| メイン | 3 | 落とし物さがしは超ラクショー？ | 依頼者の落とし物を3個さがしだそう！ |
| 種別 | Lv | 名称 | 目的 |
| メイン | 4 | お風呂あがりを狙うヤツら | お風呂あがりをねらう妖怪たちを倒せ！ |
| サブ | 5 | 住宅街のおなやみ | 住宅街で悪さをする妖怪をすべて倒せ！ |
| サブ | 5 | からまれましてピンチです！ | こひなた駅前にいる妖怪を助けよう！ |
| サブ | 5 | びちゃんこ手ぬぐいを回収せよ！ | びちゃんこ手ぬぐいを集めよう！ |
| メイン | 7 | ワカメくんの行方を追え！ | メカブちゃんを銭湯まで連れていこう！ |
| メイン | 8 | 熱湯！熱闘！さくらの湯！ | のぼせトンマンを倒せ！ |
| 種別 | Lv | 名称 | 目的 |
| メイン | 9 | さくら中央シティをパトロールせよ！ | さくら中央シティをパトロールしよう！ |
| サブ | 10 | あとしまつのお風呂バスターズ | ふえたワカメくんを倒そう！ |
| メイン | 10 | バスターズ・バトル feat. KJ | チームKJと対決だ！ |
| サブ | 10 | 金の卵をさすりたくて | 金の卵にむらがる妖怪を倒そう！ |
| メイン | 11 | コマじろう救出大作戦！ | コマじろうを救出せよ！ ※ガシャどくろと戦闘 |
| サブ | 12 | 雨におどるビリビリコンビ | 雷蔵とでんぱく小僧を倒せ！ |
| 種別 | Lv | 名称 | 目的 |
| メイン | 12 | ひょうたん池のバスターズ研修 | そよ風ヒルズでバスターズ研修だ！ |
| サブ | 13 | アイテム研修！カッパーズ | バトルアイテムを活用して妖怪退治だ！ |
| サブ | 13 | アイテム研修！にんぎょ組 | バトルアイテムを活用して妖怪退治だ！ |
| サブ | 14 | バトル研修！カッパーズ | にんぎょ組と対決だ！ |
| サブ | 14 | バトル研修！にんぎょ組 | カッパーズと対決だ！ |
| メイン | 15 | 襲来！目覚めし古池のヌシ！ | つられたろう丸を倒せ！ |
| 種別 | Lv | 名称 | 目的 |
| メイン | 16 | 発見！ツチノコ捜索隊！ | ツチノコの仲間たちをさがそう！ |
| サブ | 17 | ちっちゃな問題とながーい話 | ナガバナと協力してごっつい妖怪倒すで！ |
| サブ | 18 | ゆめか？まぼろしか？ | どんこ池のまぼろしを調査しよう！ |
| メイン | 17 | 行方不明事件の犯人！？ | 行方不明事件の犯人をこらしめろ！ |
| サブ | 18 | きっずバスターズからの挑戦状！ | キッズバスターズと対決だ！ |
| メイン | 19 | ツチノコ三兄弟の秘密！ | ツチノコ三兄弟をさがしだそう！ ※ミツマタノヅチと戦闘 |
| 種別 | Lv | 名称 | 目的 |
| メイン | 20 | 鬼の出る村へ | ケマモト村で赤鬼をさがせ！ |
| サブ | 21 | あやかし不可思議 ガシャどくろG | おつかい横丁のガシャ玉事件を調査せよ！ ※ガシャどくろGと戦闘 |
| メイン | 21 | 赤鬼討伐作戦 開始！ | 赤鬼の好物を集めてワナをしかけろ！ |
| サブ | 21 | がんばれ！ケマモン隊長！ | ケマモンといっしょに村をパトロールだ！ |
| メイン | 23 | 決戦！赤鬼再来！ | 赤鬼を倒せ！ ※鬼食いと戦闘 |
| サブ | 23 | 天下無双のインセクターズ！ | インセクターズと対決だ！ |
| 種別 | Lv | 名称 | 目的 |
| メイン | 23 | 夏だ！海だ！バカンスだ！ | ナギサキでバカンスがてらパトロール |
| サブ | 24 | 赤い悪魔とさすらいのオロチ ※赤猫団限定 | オロチと共にレッドJを倒せ！ |
| サブ | 24 | 白い魔獣と気まぐれなキュウビ ※白犬隊限定 | キュウビと共にマイティードッグを倒せ！ |
| サブ | 23 | 渚のアイドル しわくちゃん | 生気を吸いとる妖怪を倒せ！ |
| メイン | 24 | パイレーツ・オブ・ナギサキ団 | ナギサキの不良軍団を退治しよう！ |
| サブ | 24 | オジイ・ハザード | ひも爺の大暴走を止めよう！ |
| メイン | 25 | オト姫さまに会うために | 海の番人たちを倒せ！ ※Gババーンと戦闘 |
| サブ | 26 | 冷徹なる鬼！青鬼到来！ | 青鬼を倒せ！ |
| 種別 | Lv | 名称 | 目的 |
| メイン | 26 | 出動！過去の世界！ | 桜町で悪さをする妖怪をすべて倒せ！ |
| サブ | 27 | お命いただきます | いのちとりを倒せ！ |
| メイン | 27 | 共闘！ど根性ガッツ団！ | 解き放たれた凶悪妖怪をすべて倒せ！ |
| メイン | 28 | 地獄の熱湯！おのぼり黒トン！ | おのぼり黒トンを倒せ！ |
| メイン | 28 | 黒船襲来！第八三途丸！ | 第八三途丸を倒せ！ |
| メイン | 28 | 邪悪なる三つ目！地獄大山椒！ | 地獄大山椒を倒せ！ |
| メイン | 31 | 災厄を封印せよ！ | どんどろを倒せ！ |
| 種別 | Lv | 名称 | 目的 |
| メイン | 32 | キング・オブ・バスターズ予選大会 | キング・オブ・バスターズ予選を勝ち抜け！ |
| サブ | 33 | 闇にうごめく悪の計画 | あやしげな悪の計画を阻止せよ！ |
| メイン | 33 | キング・オブ・バスターズ本戦大会 | キング・オブ・バスターズ本戦を勝ち抜け！ |
| サブ | 34 | 金ピカ最高速でGO！ | ギヤマンどくろを倒せ！ |
| メイン | 35 | 地獄からの脱走者 | プリズンブレイカーを倒せ！ |
| サブ | 37 | 悪夢のはじまり！黒鬼来襲！ | 黒鬼を倒せ！ |
| 種別 | Lv | 名称 | 目的 |
| メイン | 36 | 緊急事態！バスターズSOS！ | ライバルたちを救助せよ！ |
| サブ | 37 | 取扱注意！デンジャラスな落とし物 | キケンなアイテムを利用して敵を倒せ！ |
| サブ | 38 | トキヲかけるババア（リメイク版） ※赤猫団限定 | トキヲ・ウバウネを倒せ！ |
| サブ | 38 | イカカモネ・ソウカモネ ※白犬隊限定 | イカカモネ議長を倒せ！ |
| メイン | 38 | バスターズ・トゥ・ザ・フューチャー | 未来のパーツを回収せよ！ |
| サブ | 39 | 真剣勝負！赤信号バスターズ！ | 交通ルールを守らない妖怪たちを倒せ！ |
| メイン | 40 | 最終決戦！バスターズよ永遠に！ | ウィスマロマンを倒せ！ |
| 種別 | Lv | 名称 | 目的 |
| サブ | 45 | 最恐！怪魔五人衆！ | 怪魔五人衆を倒せ！ |
| サブ | 49 | 影に潜むアサシン！大蛇隊 | オロチ率いる大蛇隊と対決だ！ |
| サブ | 49 | ハーレムバスターズ！ナインテイルズ | キュウビ率いるナインテイルズと対決だ！ |
| サブ | 54 | 合戦！元祖軍団大将を狙え！ | 元祖軍大将 土蜘蛛を倒せ！ |
| サブ | 54 | 合戦！本家軍団大将を討て！ | 本家軍大将 大ガマを倒せ！ |
| サブ | 60 | 第2次スーパーロボニャン大戦 | 暴走したロボ妖怪たちを倒せ！ ※ロボニャン28号と戦闘 |
| サブ | 64 | レジェンド登場！特攻野郎Bチーム！ | ブリー隊長率いるレジェンドチームを倒せ！ |
| サブ | 70 | 運命の糸をつむぐもの | あやとりさまを倒せ！ |
| サブ | 70 | 真打登場！カブキロイド！ | カブキロイドを倒せ！ |
| サブ | 75 | 五つ星の創造神 | 日ノ神を倒せ！ |
| サブ | 80 | 千客万来！赤の魔将！ | 赤魔寝鬼を倒せ！ |