以下の事象が発生します。仕様とのことなので注意です。
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3章マイラ編でいやしの茂み(ブロック)を全て破壊してしまいました。再生成されないのは仕様ですか？

スクエニ公式FAQより回答：
「素材であるアイテムを全て消費してしまった場合は、素材が不足してしまっても再採取することや、該当のアイテムを作成する手段がなくなってしまいます。」

「再採取が行えないことでストーリーを進めることができない場合には、大変恐縮ではございますが、素材であるアイテムを消費しきる前のセーブデータからやり直していただくことや、各章をはじめからお遊びいただくことをご検討くださいますようお願いいたします。」