ストーリーモードは章立てになっていて、複数のイベントパートとダンスパートで構成されています。
なお、データのセーブは自動で行われます。
| モード | 内容 |
| ビギナー | ストーリーを主に楽しみたい方向けのモードです |
| スタンダード | リズムゲームが得意な方向けのモードです |
| 章 | 名称 | 内容 |
| 0-1 | オープニング | − |
| 1-1 | 鳴上たちの近況 | − |
| 1-2 | スタジオにて | − |
| 1-3 | ダンス練習 | チュートリアル1 |
| 1-4 | 奇妙な噂 | − |
| 1-5 | マヨナカステージ | − |
| 1-6 | 初陣 | Time To Make History |
| 1-7 | 発覚する事件 | − |
| 1-8 | 自称特別捜査隊 | チュートリアル2 |
| 1-9 | かなみの撮影 | − |
| 1-10 | 決意 | − |
| 2-1 | 特捜隊3年チーム | − |
| 2-2 | ポッピン☆スター | Your Affection |
| 2-3 | シャドウの存在 | − |
| 2-4 | たまみ発見 | − |
| 2-5 | 天城屋、乱れ咲き | Heartbeat,Heartbreak |
| 2-6 | 消え行くたまみ | − |
| 2-7 | 道化のサーカス | − |
| 2-8 | 踊れよドラゴン | Pursuing My True Self(ATLUS Kozuka Remix) |
| 2-9 | 女帝降臨 | − |
| Extra-1 | たまみのスパルタ | − |
| 2-10 | 新たなステージ | − |
| 2-11 | 格好悪くても！ | Backside Of The TV(Lotus Juice Remix) |
| 2-12 | 本当は… | − |
| 2-13 | リーダーの重責 | − |
| 2-14 | 伝える事の意味 | SNOWFLAKES(NARASAKI Remix) |
| 2-15 | 諦めない心 | − |
| 2-16 | 彼女の全て？ | − |
| 2-17 | 魔性 | Signs Of Love(TK Remix) |
| 2-18 | ヒルガオ | − |
| Extra-2 | ともえのスパルタ | − |
| 2-19 | 考察 | − |
| 3-1 | リーダーは誰？ | − |
| 3-2 | 特攻一番！ | Best Friends |
| 3-3 | 自然な成り行き | − |
| 3-4 | まさかの野生児 | − |
| 3-5 | クマ・ON・ステージ | Like a dream come true |
| 3-6 | すももの苦悩 | − |
| 3-7 | 直斗の決断 | − |
| 3-8 | 秘めたるもの | Signs Of Love |
| 3-9 | すももの解放 | − |
| Extra-3 | すもものスパルタ | − |
| 3-10 | シャドウの出所 | − |
| 3-11 | ぶっ伝える | Time To Make History(AKIRA YAMAOKA Remix) |
| 3-12 | 急がなきゃ！ | − |
| 3-13 | 徒労 | − |
| 3-14 | 探偵王子、健在 | Heaven(Norihiko Hibino Remix) |
| 3-15 | 不屈の闘志 | − |
| 3-16 | 真打ち登場 | − |
| 3-17 | 復活のりせちー | NOW I KNOW(Yuu Miyake Remix) |
| 3-18 | 苛立ち | − |
| Extra-4 | のぞみのスパルタ | − |
| 3-19 | 引き込まれた者たち | − |
| 4-1 | 残されたかなみ | − |
| 4-2 | ダンディヒーロー | − |
| 4-3 | 捜査開始！ | − |
| 4-4 | 菜々子とレッスン | − |
| 4-5 | 頑張るかなみん | Shadow World |
| 4-6 | 井上の懸念 | − |
| 4-7 | 堂島の報告 | − |
| 4-8 | 天使、現る！ | ジュネスのテーマ(歌入り) |
| 4-9 | 出演依頼 | − |
| 4-10 | お泊り女子会 | − |
| 4-11 | テレビのお仕事 | − |
| 4-12 | 菜々子・ON・AIR | Shadow World(ATLUS Kozuka Remix) |
| 4-13 | 撮影を終えて | − |
| 4-14 | 真実はどこへ | − |
| 4-15 | 連鎖する事実 | − |
| 5-1 | 宴は続く | − |
| 5-2 | 背信 | − |
| 5-3 | 爆発、カンフーダンス | Best Friends(Banvox Remix) |
| 5-4 | 特捜隊の戦い | − |
| 5-5 | 拒絶 | − |
| 5-6 | クマ・DE・ふぃーばー | Pursuing My True Self(Shinichi Osawa Remix) |
| 5-7 | 被害者の条件 | − |
| 5-8 | 落水の過去 | − |
| 5-9 | 絡繰の女帝 | MAZE OF LIFE |
| 5-10 | 頼もしい味方 | − |
| 6-1 | 落水はシロ | − |
| 6-2 | 最後のレッスン | − |
| 6-3 | 本番のつもりで…！ | Heartbeat,Heartbreak(TOWA TEI Remix) |
| 6-4 | かなみが倒れる | − |
| 6-5 | 本番当日 | − |
| 6-6 | 1324 | − |
| 6-7 | かなこっこ | − |
| 6-8 | 絆FES | Your Affection(Daisuke Asakura Remix) |
| 6-9 | 悲鳴 | − |
| 6-10 | 目撃者は私 | − |
| 7-1 | マヨナカステージの主 | − |
| 7-2 | 会場へ | − |
| 7-3 | Let's “DANCE”！ | Dance! |
| 7-4 | 犯人の正体は | − |
| 7-5 | 届く声 | − |
| 7-6 | かなみの絆 | − |
| 7-7 | みんなの思い | Pursuing My True Self |
| 7-8 | 【ミクラタナノカミ】 | − |
| 7-9 | 心の力 | − |
| 7-10 | 最終決戦 | Reach Out To The Truth(Dancing on PERSONA STAGE) |
| 7-11 | カーテンコール | − |
| 7-12 | 帰還、そして… | |
| 7-13 | カリステギア | エンドロール |
| 8-1 | 新生、久慈川りせ | − |
| 8-2 | 夢の終わりに | − |
※【 】内はネタバレ防止のため白字で表記してあります。
文字を反転して読んで下さい。
フリーダンスで全曲クリア(DLC以外)して楽曲「カリステギア」をクリアすると、
本編クリア後に隠しチャプターが出現します。
| 章 | 名称 | 内容 |
| Special-1 | 夏の終わりに | − |
| Special-2 | 3年生たちの決意 | − |
| Special-3 | 2年生たちの決意 | − |
| Special-4 | いざ決起会へ | − |