ミステリーファイルはNoに対応したヒーローモードのミッションで入手できる。
例えばNo.03のミステリーファイルはミッション03で入手できる。
| No. | 入手場所・入手方法 |
| 1 | 橋で風船6個を割り、橋から下に降りた先の木箱 【入手動画】 |
| 2 | 2つ目のチェックポイントの先の2つ目の金網の下の木箱 タテタコトルーパーのいる金網の柱の裏に降ります。 【入手動画】 |
| 3 | ヌリヌリ棒2本のカベを越えてンウリヌリ棒の出ていた高台の上の木箱 高台へはカベを越えてから戻って足場に降り、 高台のカベをダッシュ板で登ります。 【入手動画】 |
| 4 | 5番目のチェックポイントの先のレールに乗った先の木箱 タコリバーサー5体の乗っていたレールの上に乗り下に降りよう。 【入手動画】 |
| 5 | 最終チェックポイントの先の石柱群の2番目に高い柱の上の木箱 ライドレールからイカフライをくぐって飛び移ろう。 【入手動画】 |
| 6 | 【入手動画】 |
| 7 | 【入手動画】 |
| 8 | 4番目のチェックポイントの先のピロピロ地帯の左の空中ブロックの木箱 手前から4番目の左に大きく伸びるピロピロを使って降りよう。 【入手動画】 |
| 9 | 【入手動画】 |
| 10 | 【入手動画】 |
| 11 | 5番目のチェックポイントの先の中央の網の下のスタコラーを倒す イカフライの輪ををくぐって降りよう。 ジャンプポイントでジャンプして上に戻れます。 【入手動画】 |
| 12 | 2番目のチェックポイントの2番目のイカシャワー付近の高台の木箱 インクシャワーの奥のカベを登り、インクシャワーの上に登り、カベを登ります。 【入手動画】 |
| 13 | 4番目のチェックポイントの先の4本の柱の上の木箱 インクシャワーの上からカベを登ろう。 【入手動画】 |
| 14 | 【入手動画】 |
| 15 | 【入手動画】 |
| 16 | 巨大タコストライクの発射口横の高台の木箱 巨大タコストライクを砲台で倒したら一気に先に進もう。 【入手動画】 |
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| 21 | 【入手動画】 |
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| 27 | 【入手動画】 |
全て風船を順番に割ることで入手。
自分と同じ色の風船だけでいいらしい。
| エリア | 備考 |
| 1 | 壁を塗って乗ろう |
| 2 | 金網に乗るには・・・ |
| 3 | ライドレールを経由するよ |
| 4 | チャージャー有利。 最後はスクロール(ピロピロ)から乗った方が楽。 |
| 5 | 見えない床にファイルが乗るよ そこに行くのも一苦労。 |
| 各エリアの風船の位置 |
全ミステリーファイル&イリコニウム入手場所まとめ