特定の組み合わせで合成すると、合成でしか手に入らない「レア魂」が生まれる事もある。
妖怪ウォッチ３と妖怪ウォッチバスターズでは「レア魂」の入手方法が違なる。
下記を見て間違えないようにしよう。
| 妖怪魂その1 | 妖怪魂その2 | 合成結果 |
| あつガルル | ステーキング | れんごく魂 |
| 河童 | ふろーラル | 大滝魂 |
| はつでんしん | 雷オトン | 雷神魂 |
| 百々目鬼 | おとろし | いん石魂 |
| えんらえんら | 烏天狗 | 嵐魂 |
| ガリ王子 | ふぶき姫 | 吹雪魂 |
| 爆音ならし | チクリ魔 | チクチク魂 |
| かまいたち | 天下無僧 | せつだん魂 |
| アチャー | アーダコンダ | ついげき魂 |
| キズナース | アライ魔将 | おはらい魂 |
| ゴリだるま | モテヌス | つやつや魂 |
| むりだ城 | ロボニャン | ブロッカー魂 |
| ミチクサメ | プラチナカク | むてき魂 |
| KANTETSU | ドケチング | ヤミ魂 |
| 黄泉ゲンスイ | ヨミテング | 黄泉魂 |
| ズキュキュン太 | モテモ天 | モテモテ魂 |
| ジミー | カゲロー | おんみつ魂 |
| せいでん鬼 | ロボノコ | チャージ魂 |
| こしパンダ | アフロ13 | むじゅうりょく魂 |
| ツチノコパンダ | ツチノコ星人 | よびよせ魂 |
妖怪ウォッチバスターズ例
| 妖怪魂その1 | 妖怪魂その2 | 合成結果 |
| ウ魔 | あまのじゃく | のろわれ魂 |
| アゲアゲハ | ダイヤニャン | 聖なる魂 |
| ふさふさん | ちからモチ | つやつや魂 |
| まさむね | カゲロ― | 忍の魂 |
| モモタロニャン | かげ老師 | かげろう魂 |
| 虫歯伯爵 | かゆかゆ | ウイルス魂 |
| ナガバナナ | 大やもり | 職人魂 |
| あつガルル | メラメライオン | 火の魂 |
| 雨ふらし | たびガッパ | 水の魂 |
| でんじん | ヒライ神 | 雷の魂 |
| 龍神 | グラグライオン | 土の魂 |
| ガリ王子 | ふぶき姫 | 氷の魂 |
| かぜカモ | 死神鳥 | 風の魂 |
| ばくそく | ひつま武士 | 無尽蔵魂 |
| クワガ大将 | かぶと無双 | はがねの魂 |
| 認MEN | だいだらぼっち | しっかり魂 |
| トオセンボン | トゲニャン | スパイク魂 |
| チクチクウニ | ツチノコパンダ | よびよせ魂 |
| もうせん和尚 | サンタク老師 | おすそわけ魂 |
| モテマクール | ズキュキュン太 | モテモテ魂 |