西暦20XX年…
それは南極に突如として現れた！
環境破壊や民族紛争…、様々な問題を解決できないままの未来の地球に、それは突如として現れた。
南極に出現した滅びの地《シュバルツバース》は、地球上の全てを虚無へと飲み込みながら膨張し続けた。
このままでは人類の歴史は終焉を迎えてしまうだろう…。
人々は人類存続の望みをかけて、この謎深き地に調査隊を派遣する。
だが、彼らは目撃する事となる…
シュバルツバースの恐るべき真実を！
（「真・女神転生 DEEP STRANGE JOURNEY」公式サイトより）
西暦20XX年…
それは南極に突如として現れた！
1世紀初頭。70億を超える人類は、今なお地球で繁栄を続けていた。
しかし、思想や人種の対立によって勃発する戦争、紛争。秩序が乱れ、危険薬物や快楽殺人が跋扈する都市。貧富の格差が広がり、物資の過不足で乱れる社会。
終わらぬ環境汚染によって、浸食される生態系。繁栄の代償に起こった地球環境の崩壊。それは、滅びの地<シュバルツバース>を生みだした。
南極に忽然と現れたその亜空間シュバルツバースは、あらゆる物を分子崩壊させながら恐るべきスピードで拡大し、人類とその都市すべてを亜空間内部に飲み込もうとしていた。
国連は対策機関を設立し、情報規制の元問題解決に乗り出すが、その正体は杳として知れないままであった。
そんな中、ついに国連は最終計画を発動する。
人知の及ばない未開の地を探索すべく、<シュバルツバース合同計画>を立案。全世界から選りすぐりの兵士や科学者を集め、次世代の装備を搭載した有人探索に踏み切ったのだ。
人類の最後の希望を背負った<シュバルツバース調査隊>は、謎深い滅びの地への過酷で奇妙な旅に乗り出す。
しかし、<シュバルツバース>で隊員たちを待ち受けていたものは、目を疑うものばかりだった。
目の前に広がる、南極ではあり得る筈のない風景。神話や物語の中でしか存在しない、<天使>や<悪魔>と呼ばれる異形の存在。
テクノロジーが及ばない脅威の事象に翻弄された調査隊は、為す術もなくひとりまたひとりと命を落として行った。それでも主人公たちは、持てる英知を振り絞り、人類滅亡のシナリオを回避するため<シュバルツバース>の探索を続けていくのだった…。
そしてそんな主人公の前に現れたひとりの少女。
見慣れない装備でひとり滅びの地を彷徨う謎の少女は、なぜか突然主人公に牙をむく。
シュバルツバースの謎とは？
少女の正体とは？
そして主人公は、人類の生き残りをかけた、究極の選択を迫られる。
決断せよ―。未来（すべて）を敵に回しても。
（「真・女神転生 DEEP STRANGE JOURNEY」公式サイトより）