メインミッションをクリアすると、ミッション中の行動や経過時間によってスコアが計算され、
それに応じてクリアランクが決定されます。
ランクとスコアによって英雄度やGMPを獲得できます。
また、過去3回のクリア内容に応じて称号が得られます。
| 評価項目 | 内容 | スコア |
| 評価時間 | クリアまでにかかった時間 | ※ミッション毎に異なる (下限は0点) |
| 敵戦闘態勢数 | 敵に発見されて戦闘態勢になった回数 ※ボス戦はノーカウント | 1回毎に−5000 |
| 被弾数 | 敵からの攻撃を受けた回数 | 1回毎に−100 |
| ﾀｸﾃｨｶﾙ･ﾃｲｸﾀﾞｳﾝ数 | 敵をCQCやダッシュパンチなどの体術で気絶 ホールドアップで無力化 武器の有効射程外からのヘッドショットで倒した回数 | 1回毎に＋1000 |
| ヘッドショット数 | ヘッドショットの成功回数 ※1人につき1度のみ適用 | 1回毎に＋1000 |
| 命中率 | 射撃の命中率 | |
| 無力化数 | 敵を無力化させた回数 | 1回毎に＋200 |
| マーキング数 | 敵や捕虜をマーキングした回数 ※バディがマーキングしたものは除く | 1回毎に＋30 |
| 有効尋問数 | 尋問で情報を得られた回数 | 1回毎に＋150 |
| 捕虜回収数 | 捕虜を救出した回数 | 1人毎に＋5000 |
| ボーナス項目 | 内容 | スコア |
| ミッションタスク | 特定のタスクを達成 ※最大2つまで | タスク1つにつき＋5000 |
| ノーリトライ | リトライせずにクリア ※ミッションを最初からやり直す場合はノーカウント | ＋5000〜15000 |
| 非殺傷 | 敵を殺傷せずにクリア ※瀕死状態の敵を時間経過で死亡させた場合はノーカウント | ＋5000 |
| ノーリフレックス | リフレックスモードを発動させずにクリア ※一部のボス戦やイベント時での強制リフレックスモードはノーカウント | ＋10000 |
| 敵戦闘態勢ゼロ | 敵を戦闘態勢にさせずクリア | ＋5000〜15000 ノーリトライと同じ |
| 完全ステルス非殺傷 | 非殺傷、ノーリフレックス、敵戦闘態勢ゼロを同時に達成 | ＋20000〜60000 ノーリトライの4倍 |
| 痕跡ゼロ*1 | 以下の条件を全て満たすと達成 �ヾ袷乾好謄襯紅鷸�傷 ��攻撃行為を一切行わない(※例外として、一部のミッションを除く) �Ｊ箋襪鮗�けない �ぅ薀鵐�制限の装備/要請を使用しない | ＋100000〜300000 ノーリトライの20倍 |
�ヾ袷乾好謄襯紅鷸�傷
戦闘態勢になったらアウト。
警戒態勢はセーフだが、敵兵に触れる/敵兵の無線中にイベント等を挟むと不可になる模様。
リトライはセーフ。
「売国の車列」「コードトーカー」ではオプション画面からゲーム設定のリフレックスをOFFにするとスカルズに発見されてもセーフ。
��攻撃行為を一切行わない
基本的にCQC及び全ての武器(水鉄砲/空のマガジン/デコイ/スモーク/捕獲ケージを含む)が使用厳禁だが、特定のミッションでは一部のみ許可。
ホールドアップ/匍匐回転移動に構えるだけならセーフ。
シールドは構えるだけならセーフ。
武器は発砲/投擲/設置した時点でアウトだが、CQCは敵兵に触れなければセーフ。
ダンボール箱を装備中に□ボタンで囮にするとアウト、ポスター/ダンボール滑り/配送/雨に濡れて壊れてもセーフ。
暗視ゴーグル/ファントムシガー/ペンタゼミン/ノクトシアニン/パラサイトスーツ(ミスト/アーマー)/双眼鏡/フルトン/ワームホールの使用はセーフ。
ステルス迷彩/パラサイトスーツ(ステルス)の使用はランク制限のためアウト。
アクセラミンの使用はノーリフレックスが達成条件に含まれるためアウト。
アクティブ・ソナーの使用はセーフ。
ブラストアームでのダッシュパンチは敵兵、敵車両以外への使用はセーフ。鍵の掛かった扉やフェンスを壊しても痕跡ゼロが成立。
バディへの攻撃指示はアウト。D-Horseへの糞の指示はセーフ。D-Dogへのフルトン回収指示もセーフ。
D-Walkerのステルス待機モード指示はランク制限ではないのでセーフ。
車輌での突進、砲撃は当然アウトだが、移動手段/スカルズへの体当たり/敵車輌の進路妨害として使用可能。
オオカミなどの野性動物や傀儡兵やスカルズへのカウンターはセーフ。
スカルズ、第三の子供へは格闘、ダッシュパンチを(ブラストアーム可)が使用可。
「通信網破壊指令」「漆黒の下」「サヘラントロプス」での破壊工作では、ブラストアームでのダッシュパンチが使用可で、痕跡ゼロが成立。
「静かなる暗殺者」「ホワイトマンバ」でのボス戦では、CQCとダッシュパンチ(ブラストアーム不可)が使用可で、痕跡ゼロが成立。
「装甲部隊を強襲せよ」「終わりなき代理戦争」の敵戦闘ヘリは支援ヘリのPickup指示で排除可能で、痕跡ゼロが成立。
「通信網破壊指令」を連続でプレイすると開始直後に「既に破壊されている」と通信が入りミッション終了、痕跡ゼロが成立。
「サヘラントロプス」ではattack指示でヘリを呼んでも痕跡ゼロが成立。
「[SUBSISTENCE]通信網破壊指令」ではトラックを奪いCQC(蹴り)数十発で破壊し小窓から通信機を巻き込んで爆発させるという荒業が発見された。
痕跡ゼロが不可能と思われる、もしくは現在方法が発見されていないミッションは以下の5つ
「序章 覚醒」燃える男の追撃にショットガンで応戦するため。
「裏切りの容疑者」サヘラントロプスの飛び掛かりにヘリの機関砲で応戦するため。
「死してなおも輝く」感染者を排除が目的のため。
「静かなる消失」トライアルレコードの1位のスコアと比較して達成者は存在しないと思われる。達成したら理論上450000前後。
「世界を売った男の真実」消火器を撃たず敵兵2人をイシュメールに任せエントランスの敵兵6人と燃える男をやり過ごしても達成できなかった。
| ﾗﾝｸ | スコア |
| S | 130000以上 |
| A | 100000〜129999 |
| B | 60000〜99999 |
| C | 30000〜59999 |
| D | 10000〜29999 |
| E | 10000未満 |