CV：大塚 明夫
「伝説を消された英雄」
本作「メタルギアソリッド5 ファントムペイン」の主人公。
ダイアモンド・ドッグズ総司令。
あらゆる武器や体術(CQC)等に精通し、幾度となく核の脅威から世界を救った伝説の傭兵であり英雄である。
その伝説の数々は広く知れ渡っており、「ビッグ・ボス」として東も西も関係なく多くの兵士が崇拝している。
9年前のマザーベース襲撃にて奇跡的に生き残ったが、左腕を失ってしまった。
しかし、高性能の義手をはめたことで、その戦闘能力はむしろ向上している模様。
そんな彼の本当の正体は・・・
メタルギアソリッド5 グラウンド・ゼロズでメディックとしてヘリに搭乗していた男。
今までのスネークことビッグ・ボスと呼ばれていた人物とは別人で、
メタルギアにて殺害されたビッグ・ボスが、実は彼だということが明かされた。
CV：杉田 智和
「未来を謀られた策士」
ダイアモンド・ドッグズ副指令
スネークのかつての相棒で、9年前のマザーベース襲撃で多くの戦友を失い、
ソ連軍に囚われて右腕と左足と視力を失ってしまう。
この状況の元凶となったサイファーには強い報復心を抱いており、
以前のコミカルさは一部(プレイデモ、子犬のDD、ハンバーガー)を除いて見せなくなった。
通信では受注しているミッションに関連する情報を随時教えてくれる。
本物のビッグ・ボスが行動を分かつことを知った彼は、
ビッグ・ボスを討ち、ファントムであるヴェノムとビッグ・ボスのクローンを育てることを決意。
その結果、メタルギア2にて教え子であるソリッド(デイビッド)がビッグ・ボスを討ったものの、
メタルギアソリッドにて、隠居していたところをリキッド(イーライ)に殺害されてしまった。
CV：三上 哲
「偽りを生きる好敵手」
ダイアモンド・ドッグズの戦術教官。
表向きはソ連軍の工作員で、射撃の名手であり拷問のスペシャリストでもある。
スネークとはかつて敵同士だったが、何度も対峙するうちに心酔するようになり、
MGS3以降のある時点から味方となる(語られるだけで詳細な描写はない)。
報復心に駆られるミラーのブレーキ役で、スネークの相棒枠である。
通信では戦闘に関するアドバイスの他、野生動物に関する情報を教えてくれる。
彼自身は本物のビッグ・ボスに心酔しており、
その態度もファントムであるヴェノムとは大きな違いを見せた。
ビッグ・ボスの為にあらゆる役割を演じて常に他者や自分までも偽り続け、
メタルギアソリッド4にて、願望を果たしてその生涯に幕を閉じる。
CV：ステファニー ヨーステン
「言葉を持たない狙撃手」
超人的な身体能力を持つ女性。
ソ連軍の要人を殺害する謎の存在として、アフガニスタンに出没する。
言葉を一切喋ろうとしない。
皮膚で呼吸しているらしく、露出度の高い服装をしている。
ある条件を満たすとバディとして使える。
その正体は、キプロスの病院でスネークを襲ったXOFの女性兵士。
逆に火をつけられ瀕死の重傷を負い、報復のためスネークに近づいた。
しかし、結局は迷いが生じて報復をすることなく、
声帯虫の英語株を発症させない為、静寂へと帰っていった。
CV：田中 秀幸
「自我を手に入れたギーク」
かつてヒューイと呼ばれていた二足歩行兵器の開発者。
スカルフェイスの下で研究を強いられているようだ。
メタルギアソリッド5 グラウンド・ゼロズにて、
サイファーが偽装した核査察団を無断で受け入れ、
マザーベースの襲撃を幇助したとして、裏切りの容疑が掛けられている。
嘘のつきすぎで、どれが嘘でどれが本当なのかが本人にもわからなくなっている。
子供を実験に使うだけでなく、親族も殺害したと思われる。
最終的にはマザーベースを追放され、その後はMGS1の時間軸までの間に
ジュリー・ダンジガーという女性と再婚しているが、
様々な要因が重なり最終的には自宅のプールで入水自殺した。
いろいろと怪しい行動をとっているが、彼の罪状については明確な証拠がなく、
有罪と無罪の両方の説が入り乱れている。
CV：本城 雄太郎
「運命を呪う少年兵」
ホワイトマンバと名乗る少年兵。
アフリカのアンゴラのある村に現れ、少年兵を統率して略奪行為を行った。
背中に液体人間と書かれた服を着ており、
大人には常軌を逸した反抗心を抱いている。
その正体はビック・ボスのクローンの一人で、後のリキッド・スネークである。
DNAが100%一致しなかったのはヴェノムがファントムであり、
オセロットは彼がクローンであることを知っていた。
最後までダイアモンド・ドッグズには馴染めず、
修復したサヘラントロプスで他の少年兵と共に去り、蝿の王国を築いた。
CV：阪脩
「故郷を奪われた賢人」
アフリカのアンゴラのある場所で研究をしている老科学者。
報復心で殺伐とした本作の癒し担当。
ハンバーガーにはうるさい。
過去作に登場した人物だと言われているが・・・
結局はMGS3に登場したジ・エンドの死体を研究していること以外はわからなかった。
極限環境微生物「メタリックアーキア」の発見者であり、
物語の核心となる「声帯虫」や「寄生虫補完（パラサイトセラピー）」といった寄生虫技術の権威。
スネーク達は彼がいなければ、マザーベースに蔓延する疫病の鎮圧はもちろん、
スカルフェイスの計画の全容さえ知ることはなかったであろう程の重要人物。
CV：土師 孝也
「素顔を消し去った亡者」
サイファーの実働部隊XOFの指揮官でサイファーの副官。
スカルフェイスというコードネームの通り髑髏のような顔を持つ。
9年前のマザーベース襲撃を指揮した張本人で、スネークとミラーとMGSPWをプレイした多くのプレイヤーの報復の対象。
しかし、そんな彼もプレイデモにおいてはある意味ミラー以上にコミカルな一面を見せてくれる。
コードトーカーを利用し、自身が制御できる核兵器を拡散させ、
声帯虫によって英語を全滅させることで、民族の解放を画策していた。
第三の子供を経由し、自らの報復心によってメタルギア「サヘラントロプス」や「燃える男」を操っていたが、
イーライの報復心に負け、あっけない最期を迎える。
なお本編にて彼が名乗るシーンは存在せず、スカルフェイスとはDD陣営がそう呼んでいるだけで、
「副官」や「ビラガアナ」等好きに呼ばれている。
「存在を否定された異形達」
全身が灼熱の炎に包まれた謎の男。
その身体は、銃弾や至近距離からの戦車砲の直撃も効かないだけでなく、
建物を吹き飛ばす程の炎や、支援ヘリと同型の戦闘ヘリを一撃で墜落させる火炎弾を放つ。
そんな圧倒的な戦闘能力で、スネークを付け狙う。
その正体はMGS3で野望を打ち砕かれてスネークに倒されたヴォルギン大佐。
実は一命をとりとめ、昏睡状態のまま研究謄本として保存されていた。
スカルフェイスや自らの報復心を受けた第三の子供の力で動いていたようだ。
最終的には、ヴェノム・スネークが自分を倒した人物とは別人であることに気付いて、
活動が完全に停止したところをマザーベースに回収された。
「存在を否定された異形達」
宙に浮き、ガスマスクのようなものをつけた謎の子供。
燃える男やスカルフェイスと共に、スネークの前に現れては消える謎の存在。
他人の報復心などの邪心を感じ、それをエネルギーに変換し、
宿主に力を与えたり、機械を動かす能力を持つ。
その能力で、スカルフェイスや燃える男の報復心を受け、
サヘラントロプスや燃える男自身を動かしていた。
その正体はMGSのサイコ・マンティスが子供のときの姿である。
CV：大塚 明夫
「世界を売った男」
キプロスの病院でエイハブ(ヴェノム・スネーク)を助ける謎の人物。
「俺たちが火を付けた」とか「俺はお前だ」とか「9年お前を見守った」等、
意味ありげなセリフを次々と言ってくる。
序章が終わる前にいつの間にかいなくなってしまったが、その正体とは・・・
実は彼こそが正真正銘の本物のビッグ・ボスである。
上記の意味ありげなセリフから最初の段階で気付いたプレイヤーもいたらしい。
エイハブが気を失っている間にオセロットと合流、
革ジャンに着替えてバイクでトンズラしていた。
真実を知ったエイハブ(プレイヤーの分身)本人はまんざらでもなさそうだが、
この展開にビッグ・ボスの株が大暴落してしまったプレイヤーも少なからずいたことだろう・・・
CV：水樹 奈々(MGSV:GZ)
「運命に翻弄された工作員」
サイファーの潜入工作員で、本名パシフィカ・オーシャン。
9年前のマザーベース襲撃の際に、爆死したと思われていたが・・・
条件を満たすと、医療プラットフォームで会うことができる。
その正体はヴェノム・スネークが見ている幻影で、
写真を全て渡すと、カセットテープと引き換えに消えてしまう。
キミはどっちを選ぶ？
CV：銀河 万丈
「情報を制する支配者」
サイファーの創設者で、決別するまではビッグ・ボスの大切な親友でもあった。
カズヒラ・ミラーとも、あくまで敵でも味方でもない「ビジネスの関係」として繋がりがあった。
エンドクレジットにて、その名前が記載されているが・・・
条件を満たすと、彼の会話をカセットテープで聞くことができる。
9年前のマザーベース襲撃はあくまでスカルフェイスの独断で、
彼自身は決別後もビッグ・ボスのことを大切に思っていたようだ。
あらゆる手段でビッグ・ボスを守ろうとし、お見舞いにも訪れている。
MGS4でそのビッグ・ボスの手により、命を絶たれた。