| 章 | 内容 | キャラクター |
| 1-1-1 | 謎の客人 | − |
| 1-1-2 | 特捜隊・再結成 | 鳴上 悠 |
| 1-1-3 | カウントダウン | 鳴上 悠 |
| 2-1-1 | 手掛かりを探せ | 白鐘 直斗 |
| 2-1-2 | 突然の電話 | 白鐘 直斗 |
| 2-2-1 | 焦り | 久慈川 りせ |
| 2-2-2 | 稲羽へ走れ | 久慈川 りせ |
| 3-1-1 | 歪んだ町 | 花村 陽介 |
| 3-1-2 | VSシャドウ鳴上 | 花村 陽介 |
| 3-1-3 | 皆はどこに | 花村 陽介 |
| 4-1-1 | 三度目の試練 | 鳴上 悠 |
| 4-1-2 | フードコートの決闘 | 鳴上 悠 |
| 4-1-3 | 二人の“相棒” | 鳴上 悠 |
| 4-1-4 | VSシャドウ陽介 | 鳴上 悠 花村 陽介 |
| 4-1-5 | タイムリミット | 鳴上 悠 |
| 4-2-1 | 稲羽に立つ！ | クマ |
| 4-2-2 | VSシャドウクマ | クマ |
| 4-2-3 | 待っててユキチャン | クマ |
| 5-1-1 | 守りたいもの | 里中 千枝 |
| 5-1-2 | VSシャドウ雪子 | 里中 千枝 |
| 5-1-3 | 出会い | 里中 千枝 |
| 5-1-4 | 予期せぬ再会 | 里中 千枝 |
| 5-2-1 | ホンモノはどっち？ | 天城 雪子 |
| 5-2-2 | 稲羽っ子クイズ！ | 天城 雪子 |
| 5-2-3 | VSシャドウ完二 | 天城 雪子 巽 完二 クマ |
| 5-2-4 | いざ、八高へ | 天城 雪子 |
| 6-1-1 | 推理 | 白鐘 直斗 |
| 6-1-2 | VSシャドウ千枝 | 白鐘 直斗 |
| 6-1-3 | 背後に立つ影 | 白鐘 直斗 |
| 6-2-1 | 私だって戦える！ | 久慈川 りせ |
| 6-2-2 | VSエリザベス | 久慈川 りせ |
| 6-2-3 | りせの決意 | 久慈川 りせ |
| 7-1-1 | 課せられたルール | 鳴上 悠 |
| 7-1-2 | VSシャドウ真田 | 鳴上 悠 花村 陽介 里中 千枝 |
| 7-1-3 | “ペルソナのカケラ” | 鳴上 悠 |
| 7-1-4 | VSシャドウラビリス | 鳴上 悠 花村 陽介 里中 千枝 |
| 7-1-5 | 敵の目的は一体？ | 鳴上 悠 |
| 7-2-1 | 直斗、絶体絶命 | 白鐘 直斗 |
| 7-2-2 | 参上！シャドウワーカー | 白鐘 直斗 |
| 7-2-3 | VSシャドウ直斗 | ラビリス |
| 7-2-4 | 真相を追え | 白鐘 直斗 |
| 8-1-1 | 真田を救え！ | 巽 完二 |
| 8-1-2 | VSシャドウ順平 | 天城 雪子 巽 完二 クマ |
| 8-1-3 | この先に待つものは？ | 巽 完二 |
| 9-1-1 | 共犯者…！？ | 鳴上 悠 |
| 9-1-2 | VS皆月 | 鳴上 悠 花村 陽介 里中 千枝 |
| 9-1-3 | 忍び寄る影 | 鳴上 悠 |
| 10-1-1 | 若き刺客 | 巽 完二 |
| 10-1-2 | VSシャドウ天田 | 天城 雪子 巽 完二 クマ |
| 10-1-3 | 一丸となれ！ | 巽 完二 |
| 10-2-1 | アイドルVSヒーロー | 久慈川 りせ |
| 10-2-2 | VSシャドウゆかり | 久慈川 りせ |
| 10-2-3 | つかの間、女子トーク | 久慈川 りせ |
| 11-1-1 | 危機一髪 | 鳴上 悠 |
| 11-1-2 | VSシャドウ美鶴 | 鳴上 悠 白鐘 直斗 ラビリス |
| 11-1-3 | 見えてきた敵の“真意” | 鳴上 悠 |
| 11-1-4 | 十字架の前の死闘 | 鳴上 悠 |
| 11-1-5 | VSシャドウアイギス | 鳴上 悠 白鐘 直斗 ラビリス |
| 11-1-6 | 託された想い | 鳴上 悠 |
| 12-1-1 | 決戦の予感 | 鳴上 悠 |
| 12-1-2 | あなたが何故…？ | 鳴上 悠 |
| 12-1-3 | VSミナヅキ | 鳴上 悠 |
| 12-1-4 | 邪神降臨 | 鳴上 悠 |
| 12-1-5 | VS[ヒノカグツチ]※ | 鳴上 悠 |
| 12-1-6 | 決着 | 鳴上 悠 |
| 13-1-1 | 特捜隊、捜査完了！ | 鳴上 悠 |
| 13-1-2 | 変わらぬ“絆” | 鳴上 悠 |
| 13-1-3 | エピローグ | − |
※ネタバレ回避の為、白字で表記。反転して読んでください。
以下の条件を満たすと隠しルートが解放されます。
| 章 | 内容 | キャラクター |
| 14-1-1 | 覚醒 | 鳴上 悠 |
| 14-1-2 | VS皆月 | 鳴上 悠 |
| 14-1-3 | 新たなる旅路 | 鳴上 悠 |
| 14-1-4 | 今日という日 | − |