ペルソナ5本編ではバトルはコマンド式でしたが、P5Sではリアルタイムのアクションに変わっています。
ただしペルソナスキルを選択する時や銃を撃つ時など、時間を止める事もでき、その際に敵のアナライズを見る事も出来ます。
ペルソナ5本編ではパレスから脱出すると日数が経過しましたが、P5Sではジェイルから脱出しても日数は経過しません。
その為、何度も自由にジェイルに潜ってレベル上げやお金稼ぎ、ペルソナ集めをする事が出来ます。
ペルソナ5本編にあった日数経過によるゲームオーバーもありません。
ペルソナ5本編ではパレス攻略後はパレスが崩壊して再び潜れませんでしたが、
P5Sではジェイルを攻略しても過去のジェイルに潜る事が出来ます。
ペルソナ5本編であった授業やトレーニング、コープといった主人公の強化イベントはP5Sでは無いようです。
ペルソナ5本編では主人公が戦闘不能になるとゲームオーバーでしたが、
P5Sでは操作キャラクター4人全てが戦闘不能にならないとゲームオーバーになりません。
今のところP5Sでは耐性が反射のペルソナや敵は確認されていません。
ペルソナ5本編で反射耐性を持っていた者もP5Sでは耐性が変化しています。
これはP5Sでは仲間が自動で戦うので、反射ダメージを勝手に受けない為と思われます。
耐性、無効、吸収の耐性は今まで通りあります。