前作「真・女神転生III NOCTURNE」とマニアクス版は以下の点で変わっております。
[ 変更点 ] ・新ダンジョン「アマラ深界」の追加 ・魔人、デビルメイクライの「ダンテ」が参戦、仲魔になる ・墓標の間でボス悪魔とのハイスコアアタックバトルが可能 ・新スキル「貫通」の追加(魔人・新悪魔専用スキルも追加) ・オープニングムービーの変更 ・プレイ開始時に難易度設定が可能になる ・前作データ引継ぎ