新世界樹の迷宮2はモードと難易度をゲームスタート時に選択する事ができます。
難易度はゲーム開始後も街でOPTIONから変更する事が可能です。
| 名称 | 解説 |
| Story | 5人のキャラクターが織りなすドラマティックな冒険が楽しめます |
| Classic | 自分の手で作ったキャラクターで想像を刺激する冒険が楽しめます |
難易度によるストーリーの違いはありませんが、一部勲章の獲得に違いがあります。
敵ステータスや攻撃方法は変わりませんがダメージ倍率が変わるため、
与えるダメージと受けるダメージが難易度により変化します。
| 名称 | 解説 | 備考 |
| Picnic | 遠足気分で気軽に楽しみたい方に | 全滅しても「ゲームオーバー」ではなくその場から再開できる 一部のアイテムを使っても減らない |
| Standard | 冒険の手ごたえを楽しみたい方に | 全滅した場合1回だけその場で再開できる。ダンジョンから出ると回数はリセットされる |
| Expert | 様々な樹海を踏破し死を恐れぬ者へ |