「秘奥義」を習得するとBGが3以上ある時の連携中にL2を長押しすることで秘奥義が発動し、
カットインとともに迫力の演出で敵に大ダメージを与えることができます。
秘奥義はヴォーティガンでのボス戦から使えるようになります。
連携制限を無視して出せるため、最大連携後に発動することで連続ヒットを伸ばせます。
更にソウルが1以上増加する効果も持ちます。
秘奥義で敵を倒すと、装備品ドロップ率が大幅にアップします。
| キャラクター | 秘奥義名 | 備考 |
| ベルベット | リーサル・ペイン | |
| ライフィセット | バインド・オーダー | |
| ロクロウ | 零の型・破空 | |
| マギルゥ | 光翼天翔くん | |
| アイゼン | ウェイストレス・メイヘム | |
| エレノア | スパイラル・ヘイル |
第二秘奥義はシナリオを進めてLv30〜Lv40程度で習得します。
BG4と8連携以上の連携を条件としますが、
習得によりBGの最大値が1増え、発動後にソウルが2増加します。
一見してソウル8を前提としているかに見えますが、ブレイクソウルを挟んで連携し条件を満たせます。
秘奥義は攻撃力と術攻撃の高いほうと敵の防御力と術防御の低いほうが影響するため、
最も効率的なダメージを与える事ができます。
| キャラクター | 秘奥義名 | 備考 |
| ベルベット | 絶破滅衝撃 | Lv29 |
| ライフィセット | ケイオス・ブルーム | |
| ロクロウ | 嵐月流・白鷺 | |
| マギルゥ | グッド・ホールディング | |
| アイゼン | ドラグーン・ハウリング | |
| エレノア | ロストフォン・ドライブ |
ラストダンジョンで宝珠を使用してワープを起動した先の部屋に大型のモンスターが居るので、それを倒し
且つキャラごとに必要レベルに到達すると解放されます。
第三秘奥義はBG5とブレイクソウルに関する条件を満たす事で繰り出せます。
習得によりBGの最大値も1増えます。
この秘奥義で多くの敵を倒せれば、更に高い確率で装備品をドロップします。
| キャラクター | 秘奥義名 | 備考 |
| ベルベット | インパルス・ディザイア | 習得Lv:66 |
| ライフィセット | インディグネイション | 習得Lv:61 |
| ロクロウ | 九の型・絶刑 | 習得Lv:62 |
| マギルゥ | フォーティナイン・ノルン | 習得Lv:64 |
| アイゼン | アブレイド・ベノム | 習得Lv:65 |
| エレノア | グングニル・ツイスター | 習得Lv:63 |
敵味方秘奥義集（ネタバレ注意）
本編クリア後の隠しダンジョンのボスを倒すと解放されます。
使用する2人のBGがそれぞれ5以上必要です。
連携中に使用する2人のスイッチブラスト操作とL2ボタン同時押しで発動します。
| キャラクター | 秘奥義名 | 備考 |
| ベルベット ライフィセット | イニュメラブル・ワウンド | 一の間ボス「バジリスク」撃破 |
| ロクロウ アイゼン | ファイナリティ・ゼスト | 三の間ボス「イルルヤンカシュ」撃破 |
| マギルゥ エレノア | ペネトレイト・エクセリオン | 五の間ボス「ファブニール」撃破 |