通常はメインミッションやサブミッションをクリアするとそれに続くサブミッションが追加されますが、
それ以外にも特定の条件で追加されるサブミッションがあります。
なお、これらのミッションはひとりプレイ専用です。
| 種別 | Lv | 名称 | 目的 | 条件 |
| サブ | 30 | モモタローハンター2 | 今ここに 昔話のヒーローたちが集結！ | 「モモタローハンター」クリア済み |
| サブ | 34 | 妖怪になったケータ バスターズ編 | 妖怪になったケータ バスターズ入隊！？ | 「めざせ月兎組！紅白ボス合戦！」クリア済み |
| サブ | 39 | 妖怪ウォッチバスターズif | これは『もしも』の世界のバスターズ… | 「最終選抜！バスターズウォー！」クリア済み |
| 種別 | Lv | 名称 | 目的 | 条件 |
| サブ | 55 | 特攻野郎Bチーム マスター救出大作戦 | 特攻野郎Bチーム レジェンドへの道！ | 「月に囚われた妖怪」クリア済み |
| サブ | 64 | 伝説妖怪 真っ二つ斬り！ | れじぇんど妖怪 最強決定戦でござる！ | 「ラスボス逆襲！赤いババアと白のイカ！」クリア済み |