通常はメインミッションやサブミッションをクリアするとそれに続くサブミッションが追加されますが、
それ以外にも特定の条件で追加されるサブミッションがあります。
第1話のサブミッションはひとりプレイ専用です。
| 種別 | Lv | 名称 | 目的 | 条件 |
| サブ | 10 | 孤高のバスターズダニ！ | 孤高のバスターズの活躍を見るダニ！ | 第3話：3F談話室の電話を調べる |
| サブ | 14 | 落ちこぼれバスターズ奮闘記 | とある「ともだち」のために大活躍…？ | 第4話：3F談話室の電話を調べる |
| サブ | 18 | バトル・ロワイニャル | ナンバーワンネコ妖怪をめざせニャン！ | 第5話：3F談話室の電話を調べる ※赤猫団限定 |
| サブ | 18 | 結成！白ウィス隊！？ | 白ウィス隊！進撃でうぃっす！ | 第5話：3F談話室の電話を調べる ※白犬隊限定 |
| サブ | 25 | モモタローハンター | 真のモモタロー伝説のはじまりデース！ | 第8話：3F談話室の電話を調べる |