電車は改札で1日乗車券350円を買うと、1日の間乗り放題となる(現実の世界の1日ではなくゲームの中の1日(午前6時〜午前2時)。
ホームに電車が来るので、行き先と電車の種類を確認して乗り込もう。
電車内では、会話イベントや妖怪バトルが発生する場合がある(なお、中央線快速では起こらない模様)。
午前2時(右上の時計で10時)以降は電車が来ない為、終電を逃すと駅員が「さっきのが終電で...」ということを話し、降りられる駅なら改札の外に出され、降りられない駅では最後に乗った駅に戻される。
なお、らくらくフリーパス入手後は1日乗車券を買わずとも常に乗り放題となる。
| 駅名 | 備考 |
| すんどめ | 10章クリア後、ナギサキ 汐の浦の船上にいる男に話しかけると行けるようになる(要：ヘリ) |
| ナギサキ | 下車可能(ナギサキ) |
| きしべ | |
| やまなか | |
| ねぼとけ | さくら住宅街でゲーム内時間で１日１回聞けるヒント(3種類)を聞いてからスタンプラリー台を調べるとマイニャンパーツ「武士のよろい」が手に入る |
| はしぶね | |
| 福ノ宮 | 快速停車、やまびこ線乗り換え |
| かすが野 | |
| いわくり | |
| はなやま | |
| ひばり台 | |
| アオバ | 下車可能(アオバハラ) |
| 桜中央 | 下車可能(さくら中央シティ)、快速停車、ひびきの線乗り換え |
| さくらぎ | 下車可能(さくらEXツリー) |
| さくら山 |
| 駅名 | 備考 |
| おかわり | 10章クリア後、ケマモト村のおばあちゃんの家にいるざしきわらしに話しかけると行けるようになる |
| ケマモト | 下車可能(ケマモト駅前) |
| たにあい | |
| おさらぎ | |
| たぞの | 下車可能(たぞの駅前、えんえんあぜ道) |
| 福ノ宮 | 中央線乗り換え |
| 駅名 | 備考 |
| 桜中央 | 中央線乗り換え |
| こひなた | 下車可能(団々坂) |
| むこう谷 | 妖怪オシラセッターでケマモンのオシラセを読むと行けるようになる 妖怪サーチでブシニャンを見つけ、話しかけるとらくらくフリーパスを入手 |
・ケータ
| 会話相手 | 入手アイテム |
| ウィスパー | − |
| ヒデポン | ねりあめ |
| チョーシ堂の店主 | ふか〜い漢方 |
| 店員のお兄さん | スーパー黒みつ |
| お兄さん | キャラメルピーナッツ |
| おじさん | 魚良のまきえ |
| 駅員 | 駅弁が買える(お食事ゲーム) |
・イナホ
| 会話相手 | 入手アイテム |
| USAピョン | − |
| キララちゃん | 銀のこけし |
| オニギリ | いくらおにぎり |
| ユウカちゃん | 桃コイン |
| フジワラくん | 黄色コイン |
| ヲタケン | 緑コイン |
| 女の子 | 中けいけんちだま |
| 会社員 | おじゃま道 |
| 駅員 | 駅弁が買える(\1000 お食事ゲーム) |
電車内では仲間にした妖怪が来ることもあり、話が聞けたりアイテムが手に入る。
| 会話相手 | 入手アイテム | キャラ |
| ダメジャー | クジ引き券 | ケータ イナホ |
| ハナホ人 | 中けいけんち玉 | ケータ |
| たいこモチ | マイニャンパーツ「犬のおっさんの声」 | ケータ |
| 砂夫 | マイニャンパーツ「おとなマフラー」 | イナホ |
| いきあたりバッタ | − | ケータ |
| トムニャン | − | ケータ |
| シラ切りスズメ | − | イナホ |
ぎっくり男は電車内でしか出現しないレアな妖怪。