イサマシ族 / フシギ族 / ゴーケツ族 / プリチー族 / ポカポカ族 / ウスラカゲ族 / ブキミー族 / ニョロロン族 / かいま族 / ハグレ族 / ボス妖怪
ふつうの妖怪より凶悪で強大な妖怪がボス妖怪である。
ボス妖怪は一部を除き、ともだち妖怪にはならない。
ボス妖怪はさまざまな攻撃をしてくるので、メダルを移動して回避しよう。
ピンで狙える場所が複数あることもあるので、よく考えて狙おう。
ボスについての詳しい攻略法は下表の妖怪名のリンクから。(一部準備中)
| No | 妖怪名 | 得意 | 苦手 | 出現場所 |
| 901 | ガラクタリアン | − | 雷 | ケータ編2章：スクラップヤード |
| 902 | スーパー店長 | − | 火 | ケータ編3章：バックヤード |
| 903 | モーソーもんもん | − | 土 | イナホ編3章：アオバハラ(夜) 9章：共闘！バスターズチーム！ |
| 904 | インジャネーノ | − | 氷 | ケータ編4章：モクノームの森 ケータ編5章：マックラーナ洞窟 8章：ウォルナービレッジ |
| 905 | 魔・インジャネーノ | − | 氷 | ケータ編4章：モクノームの森 ケータ編5章：マックラーナ洞窟 8章：ウォルナービレッジ 10章：ゴゴゴゴットタワー555階 |
| 906 | ヤーメルン邪先生 | − | 土 | イナホ編4章：サンセットモール(夜) 9章：共闘！デンジャラスヒーローズ！ |
| 907 | デカニャン | − | − | イナホ編5章：デカニャンのダイエット作戦！ |
| 908 | やぶれかぶれ院長 | − | − | イナホ編5章：廃病院の秘密実験 |
| 909 | 妖怪獣ガメゴス | − | − | イナホ編5章：さくらＥＸツリー |
| 910 | ヨップくん | − | 水 | 6章：オーシャンフロア |
| 911 | ワルボＶ５ | − | 水 | 10章：ゴゴゴゴットタワー・月のドリームフロア |
| 912 | ベッティーさん | − | 火 | 7章：ヘーゼルタイン邸 |
| 913 | カミナラス五郎 | − | 土 | 9章：クラブMONGEE |
| 914 | ゴゴゴＧＦ | − | − | 10章：ゴゴゴゴットタワー555階 |
| 915 | 空想ユメミガチーノ | − | − | 10章：UFO |
| 916 | 怪盗ダルマント | − | 土 | 11章：だるまっ塔 六の怪 |
| 917 | あおべえあかべえ | − | − | イナホ編5章：とび跳ねる大捜査線 |
| 918 | だるべえまーべえ | − | − | 11章：だるまっ塔 八の怪 |
| 919 | つづらチュン太夫 | − | − | 7章：おんぼろ屋敷をかけぬけて |
| 920 | つづらチュンだるま | − | − | 11章：だるまっ塔 七の怪 |
| 921 | 異次元とーちゃん | − | − | 魔神の部屋 |
| 922 | プリズンブレイカー | − | − | ウォンテッド妖怪 |
| 923 | 日ノ神 | − | − | 11章：採妖面接試験！ |
| 924 | ゲボール不死長 | − | − | ゾンビナイト：市役所 |
| 925 | びしゃがつく | − | 風 | えんえんあぜ道 |
| 926 | 赤鬼 | − | − | 鬼時間 赤信号無視 |
| 927 | 青鬼 | − | − | 鬼時間 青信号 |
| 928 | 黒鬼 | − | − | 鬼時間 |
| 929 | ツノだるま | − | − | 11章：だるまっ塔 九の怪 |
| 930 | 坐・だるま師匠 | − | − | 11章：だるまっ塔 拾の怪 |
| 931 | 鬼KING | ー | ー | クエスト：鬼の海賊王 |
| 932 | のぼせトンマン | |||
| 933 | おのぼり黒トン | ー | ー | |
| 934 | Gババーン | ー | ー | |
| 935 | モテアマス | ー | ー | |
| 936 | オモテナス | ー | ー | |
| 937 | イカカモネ議長 | ー | ー | |
| 938 | マイティードッグ | ー | ー | |
| 939 | レッドJ | ー | ー | |
| 940 | 覚醒日ノ神 | ー | ー | クエスト：「ドリーム対談！日ノ神ＶＳジョーズ！」 |
| 941 | ロボニャン28号 | ー | 雷 | クエスト：「究極を目指した者たち」 |
| 942 | 八つ裂鬼 | 炎 | 水 | バスターズTダンジョン：「あやしい地下室」など |
| 943 | ドグシャッコー | 氷 | 炎 | バスターズTダンジョン:「ゼンポコ・エイフン」など |
| 944 | クロノオーメン | 氷 | 炎 | バスターズTダンジョン:「ヌヌピス像」�い覆� |
| 945 | ゴゴゴTドラゴン | ー | 氷 | バスターズTダンジョン:「ヌーピラミッド」�Δ覆� |
| 946 | 豪鉄鬼 | 氷 | 炎 | バスターズTダンジョン:「鉄鬼の迷宮��」など |
| 947 | 大妖鬼ホゲホエール | ー | 雷 | クエスト：「ふるさとジャポンはダブル世界!?」クエスト中 |
| 948 | クジラマン | ー | 雷 | クエスト：「ふるさとジャポンはダブル世界!?」クエスト中 |
| 949 | 惨ゲ鬼 | 氷 | 炎 | バスターズTダンジョン:「惨劇の迷宮」 |
| 950 | キャプテンサンダー | 雷 | 土 | バスターズTダンジョン:「エンマ宮殿」�� |
| 951 | キャプテンサンダー | 雷 | 土 | バスターズTダンジョン:「エンマ宮殿」�� |
| 952 | ブシ王 | ー | ー | バスターズTダンジョン:「エンマ宮殿」�� |
| 953 | あなほりモグ蔵 | 土 | 風 | バスターズTダンジョン:「エンマ宮殿」�� |
| 954 | ラストブシ王 | ー | ー | バスターズTダンジョン：「武王の迷宮」 |