イサマシ族 / フシギ族 / ゴーケツ族 / プリチー族 / ポカポカ族 / ウスラカゲ族 / ブキミー族 / ニョロロン族 / かいま族 / ハグレ族 / ボス妖怪
ふつうの妖怪より凶悪で強大な妖怪がボス妖怪です。
ボス妖怪にはともだち妖怪にはならず、真剣勝負のガチバトルで戦います。
ボス妖怪はさまざまな攻撃をしてくるので、メダルを移動して回避しよう。
ピンで狙える場所が複数あることもあるので、よく考えて狙おう。
ボスについての詳しい攻略法は下表の妖怪名のリンクからご覧ください。(一部準備中)
| No | 妖怪名 | 得意 | 苦手 | 出現場所 |
| 901 | ガラクタリアン | − | 雷 | ケータ編2章：スクラップヤード |
| 902 | スーパー店長 | − | 火 | ケータ編3章：バックヤード |
| 903 | モーソーもんもん | − | 土 | イナホ編3章：アオバハラ(夜) 9章：共闘！バスターズチーム！ |
| 904 | インジャネーノ | − | 氷 | ケータ編4章：モクノームの森 ケータ編5章：マックラーナ洞窟 8章：ウォルナービレッジ |
| 905 | 魔・インジャネーノ | − | 氷 | ケータ編4章：モクノームの森 ケータ編5章：マックラーナ洞窟 8章：ウォルナービレッジ 10章：ゴゴゴゴットタワー555階 |
| 906 | ヤーメルン邪先生 | − | 土 | イナホ編4章：サンセットモール(夜) 9章：共闘！デンジャラスヒーローズ！ |
| 907 | デカニャン | − | − | イナホ編5章：デカニャンのダイエット作戦！ |
| 908 | やぶれかぶれ院長 | − | − | イナホ編5章：廃病院の秘密実験 |
| 909 | 妖怪獣ガメゴス | − | − | イナホ編5章：さくらＥＸツリー |
| 910 | ヨップくん | − | 水 | 6章：オーシャンフロア |
| 911 | ワルボＶ５ | − | 水 | 10章：ゴゴゴゴットタワー・月のドリームフロア |
| 912 | ベッティーさん | − | 火 | 7章：ヘーゼルタイン邸 |
| 913 | カミナラス五郎 | − | 土 | 9章：クラブMONGEE |
| 914 | ゴゴゴＧＦ | − | − | 10章：ゴゴゴゴットタワー555階 |
| 915 | 空想ユメミガチーノ | − | − | 10章：UFO |
| 916 | 怪盗ダルマント | − | 土 | 11章：だるまっ塔 六の怪 |
| 917 | あおべえあかべえ | − | − | イナホ編5章：とび跳ねる大捜査線 |
| 918 | だるべえまーべえ | − | − | 11章：だるまっ塔 八の怪 |
| 919 | つづらチュン太夫 | − | − | 7章：おんぼろ屋敷をかけぬけて |
| 920 | つづらチュンだるま | − | − | 11章：だるまっ塔 七の怪 |
| 921 | 異次元と−ちゃん | − | − | 魔神の部屋 |
| 922 | プリズンブレイカー | − | − | ウォンテッド妖怪 |
| 923 | 日ノ神 | − | − | 11章：採妖面接試験！ |
| 924 | ゲボール不死長 | − | − | ゾンビナイト：市役所 |
| 925 | びしゃがつく | − | 風 | えんえんあぜ道 |
| 926 | 赤鬼 | − | − | 鬼時間 赤信号無視 |
| 927 | 青鬼 | − | − | 鬼時間 青信号 |
| 928 | 黒鬼 | − | − | 鬼時間 |
| 929 | ツノだるま | − | − | 11章：だるまっ塔 九の怪 |
| 930 | 坐・だるま師匠 | − | − | 11章：だるまっ塔 拾の怪 |
| 931 | 鬼KING | ー | ー | クエスト：鬼の海賊王 |
| 932 | のぼせトンマン | |||
| 933 | おのぼり黒トン | - | - | |
| 934 | Gババーン | ー | ー | |
| 935 | モテアマス | ー | ー | |
| 936 | オモテナス | ー | ー | |
| 937 | イカカモネ議長 | ー | ー | |
| 938 | マイティードッグ | ー | ー | |
| 939 | レッドJ | ー | ー | |
| 940 | 覚醒日ノ神 | ー | ー | クエスト：ドリーム対談！日ノ神VSジョーズ！ |
| 941 | ロボニャン28号 | ー | 雷 | クエスト：究極を目指した者たち |
| 942 | 八つ裂鬼 | 炎 | 水 | バスターズTダンジョン：あやしい地下室など |
| 943 | ドグシャッコー | 氷 | 炎 | バスターズTダンジョン:ゼンポコ・エイフンなど |
| 944 | クロノオーメン | 氷 | 炎 | バスターズTダンジョン:ヌヌピス像�い覆� |
| 945 | ゴゴゴTドラゴン | ー | 氷 | バスターズTダンジョン:ヌーピラミッド�Δ覆� |
| 946 | 豪鉄鬼 | 氷 | 炎 | バスターズTダンジョン:鉄鬼の迷宮��など |
| 947 | 大妖鬼ホゲホエール | ー | 雷 | 「ふるさとジャポンはダブル世界!?」クエスト中 |
| 948 | クジラマン | ー | 雷 | ふるさとジャポンはダブル世界!?クエスト中 |
| 949 | 惨ゲ鬼 | 氷 | 炎 | バスターズTダンジョン:惨劇の迷宮 |