エンディング後にクリアデータをセーブでき、クリアデータをロードすると2周目をプレイできます。
2周目は以下の引き継ぎと追加要素があります。
※難易度「インポッシブル」について
※サブアプリ「コロンブス」について
EX61「太母の墓碑銘」クリア報酬である「ナバテアの黒石」で作成することができます。価格は5万マッカ。
その際、未使用のレアフォルマをすべて回収されます（周回プレイでは作成済みサブアプリに必要なフォルマが手元に残っています）が、
最低限の個数で試行してみたところ問題なく作成できました（魔王の真鍮牛角、魔王の石片、魔王の胃液、魔王の尺骨、魔王のクライン管、邪龍の塩塊）ので、
ナバテアの黒石以外の素材に関しては気にする必要はなさそうです（設定ミスなのかもしれません）。
※サブアプリ「マゼラン」について
EX80「ルイ・サイファーの贈り物」」クリア報酬である「明星の輝石」で作成することができます。価格は5万マッカ。
コロンブス同様、未使用レアフォルマをすべて回収されます。
このアプリをONにすると全てのマップが開示されますが、踏破扱いにはならず、OFFにすると実際に踏破した部分だけの表示に戻ります。
マップを引き継いでいる人には役に立たないように思えますが、ダークサーチを入手していなくてもオートマップに表示されるようになるのでかなり便利です。
※サブアプリの引き継ぎに関する注意点
ラボの開発状況は自動引き継ぎのため、サブアプリを引き継がなかった場合、ほぼ単純に「買い直す」以上の意味がありません。
クエストクリア報酬で直接サブアプリを入手するヨカンムシとコペルニクスのみ、自力で取り直すことになります。
マッカの無駄遣いになりますので素直に引き継いだほうが良いでしょう。
サブアプリなしでやりたいなら、OFFにすれば良いだけですし。
※オートマップの引き継ぎに関する注意点
オートマップ引き継ぎは便利ですが、注意点があります。
「ゲートサーチ」や「アンロック」で前回開いた扉は、「開いた状態」で記録されています。
新たな周回で実際に調べなおすことで、その扉は封鎖状態として更新されます。
また、一方通行のゲートサーチ（主に近道作成用）は反対側からは調べることができないため、
マルコポーロがない場合情報更新ができず、特にこれが多いエリダヌスで混乱を生みます。
ご利用は計画的に。
※レベルとステータス、成長型の引き継ぎ方に関して
レベルを引き継いだ場合、次の周回でどの成長型を選択しても能力値は前回のままでした（1周目マジック型→2周目アタック型にしても魔が一番高いステータスのまま）
ただし、新たな周回でどの成長型を選んだかによってHPとMPに多少の違いが出ます。おそらく成長型ごとに計算式が若干違うため。
（確認していませんがレベルが上がりきる前に周回し成長型を変更すると、成長傾向がそこから差し変わると思われます）
ex)1周目マジック型LV99でクリアした場合
クリア時のステータス：HP800 MP485 力56 魔80 体60 速67 運59 → 力魔体速運は次にどの成長型を選んでも変わらない（能力成長はランダム性があるので参考までに）
2周目 アタック型・フィジカル型：HP818 MP469
スピード型・マジック型：HP800 MP485
ラッキー型：HP827 MP493
ex2)力魔体速運がすべて99の場合
アタック型・フィジカル型：HP940 MP505
スピード型・マジック型：HP911 MP524
ラッキー型：HP955 MP534
つまり同じ能力値なら、ラッキー型が最も総合ステータスが高くなるようです。
ちなみにラッキー型になるためには、最後の質問以外すべて真ん中を答えればOK。
2周目では上記の引き継ぎが行われますので、準備してから1周目をクリアすることが望ましいです。
アイテムを引き継げるので、香や非売品のアイテムなどを回収してから2周目をプレイすると良いでしょう。
また、追加アクセサリーに必要なフォルマを事前に収集しておくのも良いです。
2周目でも同じ悪魔を使用したい場合は、悪魔全書に登録してアナライズの解析率をMAXにしておくと、マッカ半額で呼び出せます。
攻略用の悪魔を作成しておくのも良いです。
例えば、初期レベルの魔人アリス（勝利の雄叫び・ジハード・メシアライザー・ラスタキャンディ・不屈の闘志・三分の魔脈）を御魂強化して悪魔全書に登録しておけば、グルースまで二人旅でも簡単に攻略でき、安価＋良耐性＋ステータス異常無効と優秀です。
またマッカに余裕があるのならバロンとランダを呼び出しておくと、後々シヴァにできて便利。ちなみに直接シヴァを呼び出すより安いです。