ストーリーが進行するミッションです。
メインミッションは必ず行わなければならない必須のミッションで、
サブミッションはいずれかを選んで行う事でストーリーが進行します。
追加サブミッション(月兎組)
| 種別 | Lv | 名称 | Lv制限 | 目的 |
| メイン | 55 | めざせ月兎組！紅白ボス合戦！ | 66 | 超レッドJと超マイティードッグを倒せ！ |
| メイン | 57 | 最終選抜！バスターズウォー！ | 68 | 月兎組の最終選抜試験を勝ち抜け！ |
| メイン | 60 | 月に囚われた妖怪 | 72 | 宇宙に飛び立ち『月』を調査せよ！ |
| 種別 | Lv | 名称 | Lv制限 | 目的 |
| メイン | 74 | ラスボス逆襲！赤いババアと白のイカ！ | 88 | 超イカカモネ議長と超ウバウネを倒せ！ |
| メイン | 77 | 第3次スーパーロボニャン大戦 | 92 | ロボニャン3000を倒せ！ |
| メイン | 80 | 妖魔を総べるもの | 95 | ぬらりひょん議長を説得しにいこう！ |
| 種別 | Lv | 名称 | 目的 |
| メイン | 84 | エンマ大王と5つの試練 | エンマ大王の『5つの試練』を突破せよ！ |
| メイン | 88 | 創造神、覚醒 | ついに本気を出した 日ノ神を倒せ！ |
| サブ | 86 | 輝ける赤き守護獣 | 赤魔寝鬼ゴールドを倒せ！ ※赤猫団限定 |
| サブ | 86 | 煌めける白き守護獣 | 白古魔ゴールドを倒せ！ ※白犬隊限定 |
| メイン | 90 | 伝説の王 | ブシ王を倒せ！ |