地図で解放された間を短時間(金)でクリアすると裏の地図が貰えます。
本編クリア後データでは裏の地図が解放されて裏ボスと戦えるようになります。
2回目以降は裏の地図ではなく素材が貰えます。
詳しくはステージクリア報酬をご覧下さい。
例えば「竜の地図」で解放される「黄金の間」の「対決！ 炎の竜」で、
短時間(金)でドラゴンを倒すと「裏・竜の地図」が貰えますが、
本編クリア後は「黄金の間」で「激闘！ 炎の竜」が発生し、ドラゴン・強と戦えます。
裏ボスは非常に強いのでLvを上げて最強装備で挑みましょう。
裏ボスを倒すと各キャラクターの最強武器を入手できます。
金クリアでなくても最強装備は手に入ります。
裏ボスを全て倒すと創造の間でアトラスと戦う事が出来ます。
| 場所 | ステージ | ボス | 金クリア | 銀クリア |
| 黄金の間 | 対決！ 炎の竜 | ドラゴン | 00’17"88以下 | 03’58"94 |
| 真珠の間 | 対決！ 青き巨人 | ギガンテス | 05’23"64以下 | 08’00"01 |
| 水晶の間 | 対決！ 鋼鉄の番人 | キラーマシン | 00’33"28以下 | 02’45"00 |
| 太陽の間 | 対決！ 強き者たち | ボストロール スターキメラ | 01’29"31以下 | 12’25"76 |
| 運命の間 | 対決！ 巨大な魔神 | だいまじん | 03’46"83以下 | 06’31"81 |
| 審判の間 | 対決！ 黒き番人 | イーメス | 01’58"88以下 | 03’00"50 |
| 賢者の間 | 対決！ 荒ぶるけもの | キングレオ | 03’07"03以下 | 07’07"28 |
| 珊瑚の間 | 対決！ 光の竜 | 光の番人 | 02’33"14以下 | 03’25"88 |
| 陽炎の間 | 対決！ 忌まわしき人形 | 闇の人形 | 01’44"73以下 | 02’30"56 |
| 希望の間 | 対決！ 荒ぶる者たち | キラーマジンガ まおうのつかい | 04’26"28以下 | 06’25"89 |
| 悠久の間 | 対決！ 恐ろしき悪魔 | ヘルバトラー | 01’31"81以下 | 04’24"43 |
| 終焉の間 | 対決！ 伝説の魔竜 | キングヒドラ | 02’22"13以下 | 03’46"80 |
裏ボス クリアタイム例
| 場所 | ステージ | ボス | 金クリア | 銀クリア | 入手装備 |
| 黄金の間 | 激闘！ 炎の竜 | ドラゴン・強 | 02’02"93 | 05’23"03 | メタルキングの剣 |
| 真珠の間 | 激闘！ 青き巨人 | ギガンテス・強 | 06’04"13以下 | メタルキングの剣 | |
| 水晶の間 | 激闘！ 鋼鉄の番人 | キラーマシン・強 | 02’21"18 | 06’19"41 | しゅらのこん |
| 太陽の間 | 激闘！ 強き者たち | ボストロール・強 スターキメラ・強 | 03’43"83以下 | 04’52"71 | おうごんのツメ |
| 運命の間 | 激闘！ 巨大な魔神 | だいまじん・強 | 02’11"11以下 | 04’39"75 | メテオエッジ |
| 審判の間 | 激闘！ 黒き番人 | イーメス・強 | 01’02"46以下 | 01’46"55 | メタルキングのやり |
| 賢者の間 | 激闘！ 荒ぶるけもの | キングレオ・強 | 05’37"29以下 | 07’16"16 | メタルキングの剣 |
| 珊瑚の間 | 激闘！ 光の竜 | 光の番人・強 | 03’18"94以下 | 07’27"00 | グリンガムのムチ |
| 陽炎の間 | 激闘！ 忌まわしき人形 | 闇の人形・強 | 02’55"96以下 | 覇王のオノ | |
| 希望の間 | 激闘！ 荒ぶる者たち | キラーマジンガ・強 まおうのつかい・強 | 03’52"89以下 | 05’14"10 | オーディンボウ |
| 悠久の間 | 激闘！ 恐ろしき悪魔 | ヘルバトラー・強 | 07’14"16以下 | 13’11"50 | タイタニアステッキ |
| 終焉の間 | 激闘！ 伝説の魔竜 | キングヒドラ・強 | 03’24"18以下 | ひっさつのおうぎ | |
| 創造の間 | 死闘！ 赤き巨人 | アトラス | 07’04"53以下 | 09’30"00 | しあわせのオーブ |